Als zweiter Sohn des Malers Caspar van den Hoecke und seiner ersten Frau Margaretha van Leemput am 4. August 1611 in Sint Joriskerk in Antwerpen getauft, lernte Jan van den Hoecke wie sein jüngerer Halbbruder Robert zunächst in der väterlichen Werkstatt. Anschließend wurde er Schüler von Rubens und war unter dessen Leitung zusammen mit dem Vater an den Festdekorationen anlässlich des Einzugs des spanischen Kardinalinfanten 1635 in Antwerpen beteiligt. Danach ging Van den Hoecke nach Rom, wo er von Guido Reni beeinflusst wurde. Laut De Bie war er in Kardinalskreisen sehr angesehen und wurde auch mit dem Anfertigen von Kopien beauftragt. 1644 ist er als Mitglied der „Virtuosi al Pantheon" verzeichnet. Nach seiner Rückkehr war Van den Hoecke in Wien und später in Brüssel in den Diensten des Erzherzogs Leopold Wilhelm tätig. In Antwerpen wurde er Mitglied der Romanistenvereinigung und heiratete am 5. August 1648 Clara van Woonsel. 1651 verstarb er in Antwerpen oder Brüssel.
